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<journal-title><![CDATA[Revista Médica del Uruguay]]></journal-title>
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<article-title xml:lang="es"><![CDATA[Caracterización genotípica de 80 cepas del género Mycobacterium en Uruguay]]></article-title>
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<institution><![CDATA[,Asociación Española Primera de Socorros Mutuos (AEPSM) Laboratorio de Análisis Clínicos ]]></institution>
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<abstract abstract-type="short" xml:lang="es"><p><![CDATA[Summary Traditional methods to determine phenotype identification for mycobacterium are longer as compared with cellular procedures (4 to 6 weeks and 36 to 72 hours respectively). In Uruguay, the incidence of tuberculosis Mycobacterium is low and data on pulmonary tuberculosis cases but caused by non-tuberculosis Mycobacterium (MNT) -normally saprophytes- is lacking. From a therapeutic point of view, diagnosis based on an accurate identification of Mycobacterium infectant may be significant since treatment and management differ according to the strain found. Two DNA molecular markers were chosen in our laboratory to diagnose Mycobacterium through genotype identification: IS6110 insertion element and ribosomal DNA sequences 16s (DNAr 16s) to determine specific identity within Mycobacterium. Once selected molecular techniques were updated, we undertook a retrospective study of 80 isolates identified as Mycobacterium by phenotype methods. Most of the isolates (75/80) were tuberculosis Mycobacterium strains. The remained five were identified as MNT strains, of which three caused pulmonary infections.]]></p></abstract>
<abstract abstract-type="short" xml:lang="fr"><p><![CDATA[Résumé Les méthodes traditionnelles d'identification phénotypi-que du genre Mycobacterium sont lentes et peu sensibles, quatre à six semaines étant nécessaires pour avoir un diagnostic approprié à partir d'une culture positive. Les procédés moléculaires ont permis de raccourcir cette période: on obtient des résultants au bout de 36-72 heures. Dans notre pays, l'incidence de M. tuberculosis est basse et il n'y a pas de registres pour savoir la fréquence avec laquelle les cas diagnostiqués comme tuberculose pulmonaire sont en réalité causés par Mycobacterium non tuberculose (MNT), normalement saprophytes. Du point de vue thérapeutique, le diagnostic étiolo-gique à travers l'identification précise de l'espèce de mycobacterium infectante est un apport important, étant donné que le traitement varie selon l'espèce en question. Voilà pourquoi on a introduit dans notre laboratoire le diagnostic de Mycobacterium à travers son identification génotypique. Pour ce faire, on a choisi deux marqueurs moléculaires d'ADN: la séquence d'insertion IS6110, caractéristique des génomes du complexe M.tuberculose, et la séquence du gène ribosome 16s (ADN 16s) pour étudier l'identité spécifique dans le genre Mycobacterium. Une fois mises à point les techniques moléculaires sélectionnées, on fait une étude rétrospective d'une collec-tion de 80 isolements, identifiés comme Mycobacterium par des méthodes phénotypiques. La plupart des isolements (75/80) étaient des cèpes du complexe M. tuberculose. Les autres cinq ont été identifiés comme des cèpes MNT, dont trois étant la cause d'infections pulmonaires.]]></p></abstract>
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<kwd lng="es"><![CDATA[MYCOBACTERIUM]]></kwd>
<kwd lng="es"><![CDATA[MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS]]></kwd>
<kwd lng="es"><![CDATA[MICOBACTERIOSIS]]></kwd>
<kwd lng="es"><![CDATA[GENOTIPO]]></kwd>
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</front><body><![CDATA[ <p><font face="Verdana" size="4"><b>Caracterizaci&oacute;n genot&iacute;pica de 80 cepas del g&eacute;nero <i>Mycobacterium</i> en Uruguay</b></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>MSc. Mar&iacute;a Noel Cortinas<a name="1.-"></a><a href="#1.">1</a>, Lic. Marina Fern&aacute;ndez<a name="2.-"></a><a href="#2.">2</a>, Dras. Mar&iacute;a In&eacute;s Valeta<a name="3.-"></a><a href="#3.">3</a>, Mar&iacute;a del Rosario Uriarte<a name="4.-"></a><a href="#4.">4</a>, Mar&iacute;a Cristina Mogdasy<a name="5.-"></a><a href="#5.">5</a></i></font></p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Resumen </font> </p>  </b>     <p><font face="Verdana" size="2"><i>Los m&eacute;todos tradicionales de identificaci&oacute;n fenot&iacute;pica del g&eacute;nero Mycobacterium son lentos y poco sensibles, requiri&eacute;ndose cuatro a seis semanas para lograr un diagn&oacute;stico apropiado a partir de un cultivo positivo. Los procedimientos moleculares han permitido acortar este per&iacute;odo, obteni&eacute;ndose resultados entre las 36 a 72 horas. </i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>En nuestro pa&iacute;s la incidencia de M. tuberculosis es baja y no existen datos acerca de con qu&eacute; frecuencia los casos diagnosticados como tuberculosis pulmonar son en realidad causados por Mycobacterium no tuberculosis (MNT), normalmente saprofitas. </i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>Desde el punto de vista terap&eacute;utico, el diagn&oacute;stico etiol&oacute;gico a trav&eacute;s de la identificaci&oacute;n precisa de la especie de Mycobacterium infectante resulta un aporte significativo, dado que el tratamiento y el manejo de sus contactos son diferentes seg&uacute;n sea la especie involucrada.</i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>Por estas razones se introdujo en nuestro laboratorio el diagn&oacute;stico de Mycobacterium a trav&eacute;s de su identificaci&oacute;n genot&iacute;pica. Para ello se eligieron dos marcadores moleculares de ADN: la secuencia de inserci&oacute;n IS6110, caracter&iacute;stica de los genomas del complejo </i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>M. tuberculosis, y la secuencia del gen ribosomal 16s (ADNr 16s) para estudiar la identidad espec&iacute;fica dentro del g&eacute;nero Mycobacterium.</i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>Una vez puestas a punto las t&eacute;cnicas moleculares seleccionadas, se procedi&oacute; al estudio retrospectivo de una colecci&oacute;n de 80 aislamientos, identificados como Mycobacterium por m&eacute;todos fenot&iacute;picos. La mayor&iacute;a de los aislamientos (75/80) resultaron cepas del complejo M. tuberculosis. Los restantes cinco fueron identificados como cepas MNT, tres de ellas causantes de infecciones pulmonares. </i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><b>Palabras clave: </b><i>MYCOBACTERIUM - gen&eacute;tica.</i></font></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p> <font face="Verdana" size="2"> <i>MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS - gen&eacute;tica.</i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i> MICOBACTERIOSIS - diagn&oacute;stico.</i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i> GENOTIPO.</i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="1."></a><a href="#1.-">1</a>. Magister en Ciencias Biol&oacute;gicas. Laboratorio de Biolog&iacute;a Molecular de la Asociaci&oacute;n Espa&ntilde;ola Primera de Socorros Mutuos (AEPSM) y Profesor Adjunto del Centro T&eacute;cnico de An&aacute;lisis Gen&eacute;ticos (CTAG) de Facultad de Ciencias.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="2."></a><a href="#2.-">2</a>. Licenciada en Laboratorio Cl&iacute;nico. Laboratorio de An&aacute;lisis Cl&iacute;nicos de la AEPSM. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="3."></a><a href="#3.-">3</a>. M&eacute;dico Microbi&oacute;logo y Subjefe del Laboratorio de An&aacute;lisis Cl&iacute;nicos de la AEPSM.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="4."></a><a href="#4.-">4</a>. Doctora en Ciencias Biol&oacute;gicas. Investigador del Programa de Desarrollo de las Ciencias B&aacute;sicas (PEDECIBA). Responsable del Laboratorio de Biolog&iacute;a Molecular de la AEPSM.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="5."></a><a href="#5.-">5</a>. M&eacute;dico Microbi&oacute;logo, Jefe del Laboratorio de An&aacute;lisis Cl&iacute;nicos y Consultante de Enfermedades Infecciosas de la AEPSM.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><b>Instituci&oacute;n responsable: </b>Laboratorio Biolog&iacute;a Molecular y Laboratorio de Microbiolog&iacute;a. Asociaci&oacute;n Espa&ntilde;ola Primera de Socorros Mutuos. </font> </p>      <p>&nbsp;</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2"><b>Correspondencia: </b>MSc. Mar&iacute;a Noel Cortinas. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">Hugo Pratto 2298/901. Montevideo 11200, Uruguay. 19206 530.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a href="mailto:mcortinas@asesp.com.uy">mcortinas@asesp.com.uy</a> - <a href="mailto:cmogdasy@asesp.com.uy">cmogdasy@asesp.com.uy</a> </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">Recibido: 13/12/01.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Aceptado: 23/8/02.</font></p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Introducci&oacute;n</font></p>  </b>     <p><font face="Verdana" size="2">El g&eacute;nero <i>Mycobacterium</i> comprende un grupo de microorganismos muy diverso, de amplia distribuci&oacute;n en la naturaleza. Se han descrito m&aacute;s de 100 especies, 25 de las cuales han sido identificadas como agentes infecciosos frecuentes para el hombre(<a name="1.--"></a><a href="#1">1</a>). Adem&aacute;s de los microorganismos del complejo <i>Mycobacterium tuberculosis</i>, existen especies saprofitas, pudiendo actuar como pat&oacute;genos oportunistas y causar enfermedad pulmonar o infecciones en otras localizaciones(<a name="2-3.--"></a><a href="#2">2</a>,<a href="#3">3</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">La identificaci&oacute;n r&aacute;pida y precisa de las micobacterias a nivel de especie a partir de un cultivo positivo reviste importancia cl&iacute;nica y epidemiol&oacute;gica. Su identificaci&oacute;n a nivel de especie permite la diferenciaci&oacute;n entre pat&oacute;genos habituales y oportunistas, definiendo, de esta manera, la conducta a seguir. Por ejemplo, la terap&eacute;utica a implementar var&iacute;a dado que existen situaciones en que la indicaci&oacute;n para una especie no es efectiva para otra. A su vez, permite presumir el h&aacute;bitat natural y el reservorio (humano o ambiental), y determina la conducta a seguir con los contactos de los pacientes en tratamiento(<a href="#3">3</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">La identificaci&oacute;n de <i>Mycobacterium</i> por t&eacute;cnicas de laboratorio convencionales (fenot&iacute;picas) es lenta, requiriendo entre tres a seis semanas para lograrla, con la implicancia terap&eacute;utica que ello conlleva. Adicionalmente, se reconoce que el resultado puede ser ambiguo o llegar a ser err&oacute;neo debido a que las t&eacute;cnicas en s&iacute; mismas son poco reproducibles(<a name="4.--"></a><a href="#4">4</a>). La expresi&oacute;n fenot&iacute;pica dentro de una misma especie es variable y, en otros casos, varias especies pueden tener la misma expresi&oacute;n bioqu&iacute;mica. Por &uacute;ltimo, las bases de datos de las pruebas bioqu&iacute;micas est&aacute;n descritas s&oacute;lo para las especies m&aacute;s frecuentes y mejor conocidas lo que ocasiona un sesgo en la identificaci&oacute;n hacia las especies tradicionalmente establecidas(<a href="#4">4</a>,<a name="5.--"></a><a href="#5">5</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Los m&eacute;todos alternativos de identificaci&oacute;n m&aacute;s comunes provienen del desarrollo de t&eacute;cnicas moleculares aplicadas a la identificaci&oacute;n genot&iacute;pica. Estas t&eacute;cnicas est&aacute;n basadas en la amplificaci&oacute;n de ADN bacteriano por PCR (reacci&oacute;n en cadena de la polimerasa)(<a name="6-8.--"></a><a href="#6">6</a>-<a href="#8">8</a>) acompa&ntilde;adas por el estudio de polimorfismos generados por la digesti&oacute;n con enzimas de restricci&oacute;n(<a name="9.--"></a><a href="#9">9</a>), la hibridizaci&oacute;n con sondas espec&iacute;ficas(<a name="10.--"></a><a href="#10">10</a>), o la secuenciaci&oacute;n de cadenas nucleot&iacute;dicas(<a name="11-13.--"></a><a href="#11">11</a>-<a href="#13">13</a>). </font> </p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2">La introducci&oacute;n de t&eacute;cnicas moleculares para la identificaci&oacute;n de <i>Mycobacterium</i> en la rutina del laboratorio cl&iacute;nico ha proporcionado dos grandes ventajas respecto a la identificaci&oacute;n fenot&iacute;pica: se reduce el tiempo de estudio de los aislamientos (36 a 72 horas en lugar de tres a seis semanas) y la identificaci&oacute;n definitiva no depende de criterios subjetivos(<a href="#5">5</a>). </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">Una gran variedad de marcadores ha sido ensayada en la &uacute;ltima d&eacute;cada(<a href="#1">1</a>,<a href="#3">3</a>,<a href="#7">7</a>,<a href="#9">9</a>,<a href="#11">11</a>,<a href="#12">12</a>,<a name="14.--"></a><a href="#14">14</a>). De todos ellos se han seleccionado para este estudio la secuencia de inserci&oacute;n IS<i>6110</i>, caracter&iacute;stica de los genomas del complejo <i>M. tuberculosis,</i> y la regi&oacute;n hipervariable 5' del gen 16s ARNr ribosomal para la identificaci&oacute;n de las especies a nivel del g&eacute;nero <i>Mycobacterium </i>(anexo)(<a href="#1">1</a>,<a href="#3">3</a>,<a href="#5">5</a>,<a href="#9">9</a>,<a href="#14">14</a><a name="15-17.--"></a>-<a href="#17">17</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">La secuencia de inserci&oacute;n IS<i>6110 </i>es el marcador de uso m&aacute;s difundido para el complejo <i>Mycobacterium tuberculosis</i>(<a href="#5">5</a>,<a href="#6">6</a>,<a href="#9">9</a>), y el an&aacute;lisis de la secuencia ADN 16s ribosomal se ha convertido en el "standard" para la identificaci&oacute;n de organismos de todo el g&eacute;nero <i>Mycobacterium</i> en los centros de referencia donde la secuenciaci&oacute;n autom&aacute;tica est&aacute; disponible(<a href="#8">8</a>,<a href="#12">12</a>). Teniendo en cuenta estos antecedentes, fueron planteados los siguientes objetivos:</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">a) introducir, en nuestro medio, t&eacute;cnicas moleculares para la identificaci&oacute;n de especies del g&eacute;nero <i>Mycobacte-rium</i>; </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">b) identificar a nivel de especie una colecci&oacute;n de aislamientos del pasado y recientes, caracterizados fenot&iacute;picamente como <i>Mycobacterium, </i>en el Laboratorio de Microbiolog&iacute;a de la Asociaci&oacute;n Espa&ntilde;ola Primera de Socorros Mutuos (AEPSM).</font></p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Material y m&eacute;todo</font></p>  </b> <i>     <p><font face="Verdana" size="2">Muestras </font> </p>  </i>     <p><font face="Verdana" size="2">Se procedi&oacute; a estudiar una colecci&oacute;n de 80 aislamientos identificados como <i>Mycobacterium </i>por m&eacute;todos fenot&iacute;picos en el laboratorio de la AEPSM. Dicha colecci&oacute;n contiene aislamientos realizados entre los a&ntilde;os 1990 a 1999. Las cepas fueron aisladas en medio de Lowenstein Jensen, procedentes de muestras cl&iacute;nicas enviadas al Laboratorio de Microbiolog&iacute;a para investigaci&oacute;n de micobacterias. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">El ADN bacteriano de cada una de las cepas cultivadas se aisl&oacute; con el sistema de extracci&oacute;n de ADN de Qiagen, QiampR DNA Mini Kit, seg&uacute;n las instrucciones del mismo. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>Marcadores moleculares utilizados</i></font></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2"><i>Estudio del marcador IS6110, espec&iacute;fico para el complejo </i>M. tuberculosis</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Las amplificaciones de los fragmentos de inserci&oacute;n fueron realizadas por PCR (reacci&oacute;n en cadena de la polimerasa), utilizando los "primers" T4 y T5(<a href="#6">6</a>) y 36 ciclos con el siguiente perfil t&eacute;rmico de tres pasos: 95&ordm;C, 2 minutos; 69&ordm;C, 2 minutos y 72&ordm;C, 1 minuto, m&aacute;s una extensi&oacute;n final de 7 minutos. Luego de la electroforesis en geles de agarosa a 2%, los productos de amplificaci&oacute;n fueron visualizados con tinci&oacute;n de bromuro de etidio. La identificaci&oacute;n de bandas se realiz&oacute; por comparaci&oacute;n con un marcador de peso molecular. En cada experimento fue incluido un control negativo, un control positivo, junto con controles de inhibici&oacute;n de cada muestra. Estos &uacute;ltimos, utilizados para descartar resultados falsos negativos, consisten en reacciones que contienen ADN de las muestras problema contaminadas con ADN de <i>Mycobacterium tuberculosis</i> del control positivo. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">Para confirmar la especificidad de nuestros ensayos se realiz&oacute; la secuenciaci&oacute;n de las bandas amplificadas, coincidentes con los pesos moleculares esperados. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="fig4"></a><img alt="" src="/img/revistas/rmu/v18n3/3a06f4.gif"></font></p>  <i>     <p><font face="Verdana" size="2">Identificaci&oacute;n de ADNr 16s por secuenciaci&oacute;n</font></p>  </i>     <p><font face="Verdana" size="2">Las amplificaciones de los fragmentos fueron realizadas por PCR, utilizando los "primers" 244, 285, 264, y 259(<a href="#8">8</a>). En este caso las condiciones de amplificaci&oacute;n fueron: 95&ordm;C, 2 minutos; 69&ordm;C, 3 minutos y 72&ordm;C, 1 minuto, m&aacute;s una extensi&oacute;n final de 7 minutos por 36 ciclos. Luego de la electroforesis en geles de agarosa a 2%, los productos de amplificaci&oacute;n fueron visualizados con tinci&oacute;n de bromuro de etidio. Se utilizaron controles positivos, negativos y de inhibici&oacute;n. Se procedi&oacute; a la identificaci&oacute;n de especie por secuenciaci&oacute;n autom&aacute;tica con un equipo ABI 310 y utilizando <i>Sequencing Prism Mix</i>, ambos de <i>Applied Biosystems.</i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Los excesos de enzima, nucle&oacute;tidos y sales de los productos de PCR 16s ARNr fueron extra&iacute;dos antes de realizar las reacciones de secuenciaci&oacute;n haciendo pasar los productos a trav&eacute;s de columnas Centrisep (Princeton). </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2"><i>Creaci&oacute;n de una base de datos del g&eacute;nero </i>Mycobacterium</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Las secuencias utilizadas para la creaci&oacute;n de nuestra base de datos fueron extra&iacute;das a partir de las bases de datos de acceso p&uacute;blico, <i>GenBank </i>y <i>Ribosomal Database</i>. </font> </p>  <i>     <p><font face="Verdana" size="2">An&aacute;lisis de las secuencias obtenidas</font></p>  </i>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2">Los resultados de las corridas fueron analizados y corregidos con el paquete inform&aacute;tico <i>Sequencing Analysis</i> y <i>Sequence Navigator (Applied Biosystems)</i>. Posteriormente fueron reconocidas con <i>Blast</i> (NCBI), luego alineadas con <i>Clustal W</i> 1.07(<a name="18.--"></a><a href="#18">18</a>) y la reconstrucci&oacute;n filogen&eacute;tica fue realizada con PAUP(<a name="19.--"></a><a href="#19">19</a>), utilizando m&eacute;todos de parsimonia, distancia y 1.000 r&eacute;plicas de <i>bootstrap</i> para asignar el apoyo estad&iacute;stico recibido por los distintos agrupamientos. En el caso de las reconstrucciones por parsimonia se realizaron b&uacute;squedas de tipo heur&iacute;stico y luego el &aacute;rbol consenso. En el caso de los an&aacute;lisis por distancias se utiliz&oacute; <i>Kimura</i> con dos par&aacute;metros y <i>Neighbor Joining</i> como algoritmo de agrupamiento. La secuencia de <i>Nocardia asteroides </i>fue utilizada como grupo externo(<a href="#8">8</a>). </font> </p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Resultados</font></p>  </b>     <p> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">Se procedi&oacute; a la amplificaci&oacute;n de ambos marcadores moleculares por PCR a partir de las extracciones de ADN (<a href="#fig1">figura 1</a>). De los 80 casos estudiados fueron obtenidas 75 amplificaciones positivas para el marcador IS<i>6110</i>. Las cinco muestras negativas mostraron amplificaci&oacute;n cuando fueron contaminadas con ADN de <i>M. tuberculosis, </i>descart&aacute;ndose resultados falsos negativos<i>.</i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="fig1"></a><img alt="" src="/img/revistas/rmu/v18n3/3a06f1.gif"></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">La amplificaci&oacute;n de fragmentos de ADN 16s ribosomal fue confirmada para los 80 casos, primero por tama&ntilde;o en geles de agarosa y luego mediante la secuenciaci&oacute;n autom&aacute;tica de los productos amplificados con los m&eacute;todos descritos.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Las secuencias generadas fueron revisadas manualmente con ayuda del programa <i>Sequence Navigator</i>. Su alineamiento preliminar y comparaciones usando <i>Blast</i> (NCBI), mostraron la existencia de un grupo de secuencias que se asociaban a las secuencias de <i>M. tuberculosis </i>depositadas en <i>GenBank </i>y de otro grupo, de cinco secuencias, coincidentes con las muestras negativas para IS<i>6110</i> que se asociaron con cepas de micobacterias distintas de <i>M. tuberculosis. </i></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">La incorporaci&oacute;n de estas secuencias en un an&aacute;lisis filogen&eacute;tico junto con la base de datos generada a partir de <i>GenBank</i> y <i>Ribosomal Database</i>, permiti&oacute; constatar que 75 cepas, positivas para el marcador IS<i>6110</i>, formaban un "cluster" compartiendo la posici&oacute;n topol&oacute;gica con la secuencia de referencia de <i>M. tuberculosis </i>(<a href="#fig2">figura 2</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Las cinco cepas que resultaron con amplificaci&oacute;n positiva s&oacute;lo para el fragmento de ADN 16s se clasificaron en el &aacute;rbol filogen&eacute;tico junto a distintas micobacterias <i>Mycobacterium </i>no<i> tuberculosis </i>(MNT). Dos de ellas se agruparon con las secuencias de referencia de <i>M. kansasii; </i>otras dos con secuencias de <i>M. fortuitum </i>y la restante se agrup&oacute; con la secuencia de <i>M. xenopi </i>(<a href="#fig2">figura 2</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="fig2"></a><img alt="" src="/img/revistas/rmu/v18n3/3a06f2.gif"></font></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2">Como se muestra en la <a href="#tab1">tabla 1</a>, la frecuencia de aparici&oacute;n de <i>M. tuberculosis </i>y MNT fue 93,7% y 6,3%, respectivamente, con un predominio general de muestras de procedencia respiratoria. Dentro de las MNT, dos <i>M. kansasii, </i>una <i>M. fortuitum </i>y una <i>M. xenopi</i> se identificaron a partir de aislamientos de expectoraci&oacute;n de pacientes con infecciones de localizaci&oacute;n pulmonar. La restante <i>M. fortuitum </i>se obtuvo<i> </i>a partir de una f&iacute;stula de pierna, localizaci&oacute;n habitual para las infecciones oportunistas causadas por esta especie. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="tab1"></a><img alt="" src="/img/revistas/rmu/v18n3/3a06t1.gif"></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">El estudio de las historias cl&iacute;nicas de los cuatro pacientes con enfermedad pulmonar MNT permite apreciar que se presentaron como cuadros respiratorios prolongados, radiol&oacute;gicamente compatibles con tuberculosis pulmonar y, como tales, tratados con triple plan que inclu&iacute;a pyrazinamida (<a href="#tab2">tabla 2</a>)(<a href="#20">20</a>). </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="tab2"></a><img alt="" src="/img/revistas/rmu/v18n3/3a06t2.gif"></font></p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Discusi&oacute;n</font></p>  </b>     <p><font face="Verdana" size="2">Hemos caracterizado con marcadores moleculares una colecci&oacute;n de aislamientos realizados durante la d&eacute;cada de 1990 por nuestro laboratorio, reconocidos como pertenecientes al g&eacute;nero <i>Mycobacterium.</i> </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">Las condiciones de amplificaci&oacute;n tanto del fragmento de inserci&oacute;n IS<i>6110</i> como del fragmento ADNr 16s fueron optimizadas satisfactoriamente en nuestro laboratorio. Como era de esperar, se obtuvo la amplificaci&oacute;n del fragmento ADNr 16s en los 80 aislamientos estudiados. Sin embargo, s&oacute;lo 75 resultaron positivos para el marcador IS<i>6110</i>. La doble condici&oacute;n, negativos IS<i>6110</i> y positivos para ADNr 16s en cinco muestras luego de la amplificaci&oacute;n por PCR plante&oacute; dos alternativas: a) la ausencia de los fragmentos de inserci&oacute;n IS<i>6110</i> en las mismas, aun perteneciendo al complejo <i>M. tuberculosis, </i>o b) la existencia de <i>Mycobacterium</i> no tuberculosis. La consideraci&oacute;n de la alternativa a) se fundamenta en que se ha comprobado la ausencia de este fragmento de inserci&oacute;n en algunas cepas del complejo <i>M. tuberculosis</i> de pa&iacute;ses asi&aacute;ticos(<a href="#5">5</a>,<a href="#21">21</a>). Sin embargo, para los casos de nuestra colecci&oacute;n, la alternativa b) fue la correcta, al corroborarse por secuenciaci&oacute;n autom&aacute;tica que se trataba de secuencias caracter&iacute;sticas de MNT (<a href="#fig3">figura 3</a>). </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2"><a name="fig3"></a><img alt="" src="/img/revistas/rmu/v18n3/3a06f3.gif"></font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Nuestros resultados indicaron, por tanto, que el fragmento de inserci&oacute;n IS<i>6110 </i>es un buen marcador para el diagn&oacute;stico de cepas del complejo <i>M. tuberculosis </i>en nuestro medio al igual que en otros pa&iacute;ses(<a href="#9">9</a>,<a href="#14">14</a>,<a href="#15">15</a>). Su principal ventaja radica en la rapidez para alcanzar el resultado requerido; se necesita s&oacute;lo una reacci&oacute;n de PCR a partir del ADN extra&iacute;do y la visualizaci&oacute;n de los productos se realiza con tinci&oacute;n de bromuro de etidio luego de realizada la electroforesis. No se requiere un sofisticado equipamiento y todos los procedimientos son realizables en un d&iacute;a de trabajo. Un resultado negativo de IS<i>6110</i> no excluye la presencia de MNT.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">El an&aacute;lisis de secuencias de ADNr 16s requiere de equipamiento m&aacute;s sofisticado, un secuenciador autom&aacute;tico de &aacute;cidos nucleicos y bases de datos de referencia. La gran ventaja de esta metodolog&iacute;a es, adem&aacute;s de la rapidez, la amplitud de an&aacute;lisis posibles (todo el g&eacute;nero <i>Mycobac-terium</i>) y la capacidad de reconocer nuevos genotipos de micobacterias a&uacute;n no descritos(<a href="#12">12</a>,<a href="#13">13</a>). Por otra parte se elimina toda subjetividad en la interpretaci&oacute;n as&iacute; como los resultados falsos negativos. A diferencia de los fragmentos de inserci&oacute;n, las secuencias de ADNr 16s est&aacute;n siempre presentes porque forman parte estructural de los ribosomas(<a href="#5">5</a>). Un negativo en la amplificaci&oacute;n s&oacute;lo puede atribuirse a problemas en la extracci&oacute;n de ADN si los reactivos y el equipamiento funcionan correctamente.</font></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2">Dado que la procedencia de la mayor parte de las muestras fue de origen respiratorio, no es sorprendente este predominio de <i>M. tuberculosis</i> (93,6%) respecto a MNT (6,4%). </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">La confirmaci&oacute;n de aislamientos MNT fundamentalmente en localizaciones pulmonares se&ntilde;ala la necesidad, desde el punto de vista asistencial, de establecer un diagn&oacute;stico a nivel de especie, aun en pa&iacute;ses de baja incidencia de <i>M. tuberculosis</i> siguiendo las recomendaciones de la American Thoracic Society (ATS)(<a name="20.--"></a><a href="#20">20</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">La identificaci&oacute;n de <i>M. kansasii </i>y<i> M. xenopi</i> en expectoraciones coincide con los datos de Estados Unidos, Canad&aacute; y Europa donde estas micobacterias constituyen la primera o segunda causa m&aacute;s frecuente de infecci&oacute;n pulmonar cr&oacute;nica causada por micobacterias no tuberculosis con presentaci&oacute;n cl&iacute;nico-radiol&oacute;gica semejante a la tuberculosis(<a href="#20">20</a><a name="21-22.--"></a>,<a href="#22">22</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Estos hallazgos muestran, adem&aacute;s, la necesidad de establecer la correcta identificaci&oacute;n de la micobacteria infectante para la implementaci&oacute;n terap&eacute;utica. Por ejemplo, la resoluci&oacute;n cl&iacute;nica espont&aacute;nea de infecciones causadas por <i>M. kansasii</i> (de crecimiento lento en medios de cultivo al igual que <i>M. tuberculosis</i>) que se presentan cl&iacute;nicamente como "tuberculosis pulmonar" est&aacute; descrita en muy pocos pacientes(<a href="#22">22</a>,<a name="23.--"></a><a href="#23">23</a>). La susceptibilidad antibi&oacute;tica de este microorganismo es predecible. Es sabido que es resistente a algunos de los f&aacute;rmacos utilizados en el triple plan antituberculosis, por ejemplo pyrazinamida, y que los resultados de tratamientos que incluyen rifampicina son superiores a los que no la incluyen(<a href="#22">22</a>,<a href="#23">23</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Esta precisi&oacute;n diagn&oacute;stica presenta dos ventajas: evita el estudio y eventual tratamiento de los contactos, y adquieren importancia los lugares donde el paciente habita ya que se reconoce como reservorio natural de estos organismos a las aguas m&aacute;s que a los suelos(<a href="#3">3</a>).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">La confirmaci&oacute;n de <i>M. fortuitum</i>, una micobacteria de r&aacute;pido crecimiento, en un aislamiento de expectoraci&oacute;n, merece algunas consideraciones: puede encontrarse all&iacute; como saprofita colonizando las secreciones respiratorias o ser el agente causal de un proceso broncopulmonar. Se adquiere por aspiraci&oacute;n y no se reconoce la transmisi&oacute;n persona a persona(<a href="#20">20</a>,<a name="24.--"></a><a href="#24">24</a>). En los procesos broncopulmonares no existen elementos cl&iacute;nicos, radiol&oacute;gicos ni histopatol&oacute;gicos que sean diagn&oacute;sticos. Su susceptibilidad es predecible e incluye amikacina, ciprofloxacina, cefoxitin y sulfas(<a href="#22">22</a>). El otro aislamiento de <i>M. fortuitum</i> se confirm&oacute; en una infecci&oacute;n de partes blandas, con una presentaci&oacute;n cl&iacute;nica habitual para esta especie.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Adem&aacute;s de estos ejemplos, la experiencia internacional recoge otros casos donde la identificaci&oacute;n de la micobacteria infectante junto con interacci&oacute;n m&eacute;dico-laboratorio ha sido importante para la correcta elecci&oacute;n de las distintas posibilidades terap&eacute;uticas. Algunos de estos casos incluyen la distinci&oacute;n entre <i>M. scrofulaceum </i>de <i>M. gordonae</i>, entre <i>M. fortuitum</i> y<i> M. abscessus</i>, entre <i>M. chelonae </i>y<i> M. mucogenicum</i>(<a href="#13">13</a>), y en los pacientes inmunosuprimidos la posibilidad de establecer infecciones provocadas por micobacterias del complejo<i> M.</i> <i>avium- intracellulare</i>.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Finalmente, el estudio sistem&aacute;tico empleando t&eacute;cnicas moleculares como las descritas y otras complementarias revelar&aacute;n la verdadera biodiversidad de especies de este g&eacute;nero en nuestro pa&iacute;s. Aunque los niveles de incidencia de tuberculosis en Uruguay son bajos(<a name="25.--"></a><a href="#25">25</a>), la situaci&oacute;n regional y del mundo es diferente. Nuestros vecinos, Brasil y Argentina, presentan niveles de incidencia mayores(<a name="26-27.--"></a><a href="#26">26</a>,<a href="#27">27</a>) y problemas adicionales por la existencia de cepas multirresistentes(<a href="#26">26</a>-<a name="28.--"></a><a href="#28">28</a>). De acuerdo con los &uacute;ltimos informes de la Organizaci&oacute;n Mundial de la Salud, la tuberculosis es considerada una de las infecciones reemergentes a nivel mundial, esper&aacute;ndose que para el a&ntilde;o 2010 ocupe el tercer lugar dentro de las enfermedades prevalentes(<a name="29.--"></a><a href="#29">29</a>). </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">La disponibilidad de estas tecnolog&iacute;as diagn&oacute;sticas en nuestro medio preparar&aacute; el terreno para permanecer atentos a estas realidades circundantes y a trav&eacute;s de la evaluaci&oacute;n de la biodiversidad se proveer&aacute;n bases para su inclusi&oacute;n en futuros programas de vigilancia epidemiol&oacute;gica.</font></p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Agradecimientos</font></p>  </b>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2">Los autores agradecen a la t&eacute;cnica de laboratorio Mylene Rodr&iacute;guez (AEPSM ) por la asistencia t&eacute;cnica en este trabajo. </font> </p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Summary</font></p>  </b>     <p><font face="Verdana" size="2">Traditional methods to determine phenotype identification for mycobacterium are longer as compared with cellular procedures (4 to 6 weeks and 36 to 72 hours respectively).</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">In Uruguay, the incidence of tuberculosis Mycobacterium is low and data on pulmonary tuberculosis cases but caused by non-tuberculosis Mycobacterium (MNT) -normally saprophytes- is lacking.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">From a therapeutic point of view, diagnosis based on an accurate identification of Mycobacterium infectant may be significant since treatment and management differ according to the strain found.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Two DNA molecular markers were chosen in our laboratory to diagnose Mycobacterium through genotype identification: IS6110 insertion element and<b> </b>ribosomal DNA sequences 16s (DNAr 16s) to determine specific identity within Mycobacterium. </font> </p>      <p><font face="Verdana" size="2">Once selected molecular techniques were updated, we undertook a retrospective study of 80 isolates identified as Mycobacterium by phenotype methods. Most of the isolates (75/80) were tuberculosis Mycobacterium strains. The remained five were identified as MNT strains, of which three caused pulmonary infections.</font></p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">R&eacute;sum&eacute;</font></p>  </b>     <p><font face="Verdana" size="2">Les m&eacute;thodes traditionnelles d'identification ph&eacute;notypi-que du genre Mycobacterium sont lentes et peu sensibles, quatre &agrave; six semaines &eacute;tant n&eacute;cessaires pour avoir un diagnostic appropri&eacute; &agrave; partir d'une culture positive. Les proc&eacute;d&eacute;s mol&eacute;culaires ont permis de raccourcir cette p&eacute;riode: on obtient des r&eacute;sultants au bout de 36-72 heures.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Dans notre pays, l'incidence de M. tuberculosis est basse et il n'y a pas de registres pour savoir la fr&eacute;quence avec laquelle les cas diagnostiqu&eacute;s comme tuberculose pulmonaire sont en r&eacute;alit&eacute; caus&eacute;s par Mycobacterium non tuberculose (MNT), normalement saprophytes.</font></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><font face="Verdana" size="2">Du point de vue th&eacute;rapeutique, le diagnostic &eacute;tiolo-gique &agrave; travers l'identification pr&eacute;cise de l'esp&egrave;ce de mycobacterium infectante est un apport important, &eacute;tant donn&eacute; que le traitement varie selon l'esp&egrave;ce en question.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Voil&agrave; pourquoi on a introduit dans notre laboratoire le diagnostic de Mycobacterium &agrave; travers son identification g&eacute;notypique. Pour ce faire, on a choisi deux marqueurs mol&eacute;culaires d'ADN: la s&eacute;quence d'insertion IS6110, caract&eacute;ristique des g&eacute;nomes du complexe M.tuberculose, et la s&eacute;quence du g&egrave;ne ribosome 16s (ADN 16s) pour &eacute;tudier l'identit&eacute; sp&eacute;cifique dans le genre Mycobacterium.</font></p>      <p><font face="Verdana" size="2">Une fois mises &agrave; point les techniques mol&eacute;culaires s&eacute;lectionn&eacute;es, on fait une &eacute;tude r&eacute;trospective d'une collec-tion de 80 isolements, identifi&eacute;s comme Mycobacterium par des m&eacute;thodes ph&eacute;notypiques. La plupart des isolements (75/80) &eacute;taient des c&egrave;pes du complexe M. tuberculose. Les autres cinq ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s comme des c&egrave;pes MNT, dont trois &eacute;tant la cause d'infections pulmonaires.</font></p>  <b>     <p><font face="Verdana" size="2">Bibliograf&iacute;a</font></p>      <p> </p>  </b>     <!-- ref --><p><font face="Verdana" size="2"><a name="1"></a><a href="#1.--">1</a>.<b> Rogall T, Wolters J, Flohr T, Bottger EC.</b> Towards a phylogeny and definition of species at the molecular level within the genus <i>Mycobacterium</i>. Int J Syst Bacteriol 1990; 40(4): 323-30.     </font> </p>      <!-- ref --><p><font face="Verdana" size="2"><a name="2"></a><a href="#2-3.--">2</a>. <b> Koneman EW, Allen SD, Janda WM, Schreckenberger PC, Winn WC (Jr).</b> Color Atlas and textbook of diagnostic microbiology. 5a ed. Philadelphia: Lippincott-Williams &amp; Wilkins, 1997: 893-952.     </font> </p>      <!-- ref --><p><font face="Verdana" size="2"><a name="3"></a><a href="#2-3.--">3</a>.<b> Brooks RW,</b> <b>Parker BC, Gruft H,</b> <b>Falkinham JO 3rd.</b> Epidemiology of infection by nontuberculous mycobacteria. V. Numbers in eastern United States soils and correlation with soil characteristics. Am Rev Respir Dis 1983; 130(4): 630-3.     </font> </p>      <!-- ref --><p><font face="Verdana" size="2"><a name="4"></a><a href="#4.--">4</a>.<b> Springer B, Stockman L, Teschner K, Roberts GD, Bottger EC.</b> Two-laboratory study on identification of mycobacteria: molecular versus phenotypic methods. J Clin Microbiol 1996; 34(2): 296-303.     </font> </p>      <!-- ref --><p><font face="Verdana" size="2"><a name="5"></a><a href="#5.--">5</a>. <b> Hale YM, Pfyffer GE, Salfinger M.</b> Laboratory diagnosis of mycobacterial infections: new tools and lessons learned. 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