Abstract

A middleware-based platform for the integration of bioinformatic services. CLEIej [online]. 2015, vol.18, n.2, pp.7-7. ISSN 0717-5000.

La ejecución de los experimentos bioinformáticos involucra el uso intensivo de servicios y recursos de información distribuidos a través de Internet. Las herramientas existentes facilitan su implementación siguiendo una orientación a flujos de trabajo (workflows), pero carecen de capacidades de integración de servicios con patrones de interacción heterogéneos y a gran escala. Esta integración es especialmente necesaria para permitir a un procesamiento distribuido a gran escala de los datos biológicos generados por las tecnologías de secuenciación masiva. Por otro lado, estos mecanismos de integración ya son proporcionados por productos de middleware como los Enterprise Service Bus (ESB), que permiten integrar sistemas distribuidos siguiendo el paradigma promovido por las Arquitectura Orientada a Servicios (SOA). Este trabajo propone una plataforma de integración basada en middleware empresarial para integrar servicios bioinformáticos. En él se presenta una arquitectura de referencia con varios niveles de abstracción y se describen con mayor detalle los mecanismos basados en ESB para proporcionar comunicaciones asíncronas, interacciones basadas en eventos y capacidades de transformación de datos. En el artículo presenta una especificación formal de la plataforma utilizando el modelo de eventos-B.

Keywords : Middleware; Bioinformática; Plataformas de integración; Plataforma como Servicio.

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