Abstract

Bioinformatics Performance Comparison of Many-core: Tile64 vs. Multi-core Intel Xeon. CLEIej [online]. 2014, vol.17, n.1, pp.5-5. ISSN 0717-5000.

Se ha realizado una comparación de rendimiento, entre el multiprocesador de sesenta y cuatro núcleos Tile64 y la arquitectura multinúcleo x86 Xeon, aplicado a algoritmos bioinformáticos. Hemos utilizado para la evaluación comparativa, el algoritmo de alineamiento de pares de secuencias biológicas MC64-NW/SW, que hemos desarrollado previamente para alinear ácidos nucleicos (ADN y ARN), y proteínas como el péptido. Este algoritmo utilizado en la experiencia, es una implementación mejorada del algoritmo de Needleman-Wunsch que sirve para realizar alineamientos globales de dos secuencias, y el algoritmo de Smith-Waterman que se utiliza para realizar alineamiento local de un par de secuencias biológicas. Para realizar la comparación sobre arquitectura x86 (Intel Xeon Quad Core y los procesadores Quad Core Intel i7), hemos migrado el MC64-NW/SW, originalmente desarrollado para el procesador Tile64, con excelentes resultados. Por lo tanto, estimamos que la evolución de las arquitecturas basadas en x86 hacia coprocesadores como el Xeon Phi, deben representar mejoras significativas en el rendimiento de la bioinformática.

Keywords : núcleos; multi-hilo; hilos; procesos; programación dinámica; memoria cache.

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